Rektor UIN Sunan Kalijaga, Prof. Dr. H.M. Amin Abdullah melantik 14 orang pejabat eselon III dan 4 orang pejabat eselon IV di lingkungan UIN Sunan Kalijaga. Pejabat Eselon IV yang dilantik antara lain : Muhammad Mahyudin, S.H., M.A., sebagai Kasubbag. Administrasi pada Program Pascasarjana Bagian Kerja Sama Biro Administrasi Akademik (AAK), Dra. Oky Prastiwi Puspitasari, sebagai Kasubbag. Registrasi pada Bagian Akademik Biro AAK., Dra. Soepasetijantini, sebagai Kasubbag. Pelaksana Anggaran pada Bagian Keuangan Biro Administrasi Umum(ADUM), Drs. Suroto Anwar, sebagai Kasubbag. Umum pada Fakultas Tarbiyah, Drs. Mujiadi, M.Si., sebagai Kasubbag. Akademik dan Kemahasiswaan pada Fakultas Tarbiyah, Drs. Sutarman, M.A., sebagai Kasubbag. Pengembangan Akademik dan Kemahasiswaan pada Fakultas Saintek, Gunadi, S.H., sebagai Kasubbag. Pengembangan Minat, Bakat, dan Keterampilan pada Bagian Kemahasiswaan Biro AAK, Drs. Ponijan, sebagai Kasubbag. Umum pada Fakultas Dakwah, Dra. Warleni, sebagai Kasubbag. Umum pada Fakultas Ushuluddin, Dra. Dyah Ika Kartini, sebagai Kasubbag. Tata Usaha pada Lembaga Pengabdian kepada Masyarakat, Drs. A. Hanany Naseh, M.A., sebagai Kasubbag. Kerja Sama antar Perguruan Tinggi dan Masyarakat pada Bagian Kerja Sama Biro AAK, Dra. Arini Octaviani, sebagai Kasubbag. Administrasi Akreditasi PTAIS, Dra. Naim Farid, sebagai Kasubbag. Pengumpulan dan Pengolahan Data pada Bagian Perencanaan Biro AAK, Dra. Rahmi Trahmi Mei Maharani, sebagai Kasubbag. Hukum dan Humas pada Bagian Ketatausahaan Biro ADUM. Sementara pejabat eselon III yang dilantik, antara lain : Drs. H. M. Mukhtar Djamil sebagai Kepala Bagian Tata Usaha pada Fakultas Adab, Drs. Rokhmat, sebagai Kepala Bagian Tata Usaha pada Fakultas Ilmu Sosial dan Humaniora, Suroso, Bc. Hk., sebagai Kepala Bagian Tata Usaha pada Fakultas Dakwah, dan Musta’in, S.E., M.M., sebagai Kepala Bagian Akademik Biro AAK. Menurut Amin Abdullah, yang menyampaikan sambutannya selesai melantik, pejabat yang dilantik kali ini bukan merupakan pejabat baru, tetapi hanyalah mutasi biasa dari jabatan sebelumnya. Hal ini setiap saat dilaksanakan UIN Sunan Kalijaga untuk memberikan penyegaran kinerja terhadap para pejabat struktural di UIN. Dengan mutasi jabatan diharapkan, setiap pejabat tidak mengalami kejenuhan dalam rutinitas pekerjaan selama bertahun-tahun, dan menggugah para pejabat untuk selalu belajar hal hal yang baru.Dalam hal disiplin kerja, setiap pejabat di lingkup UIN diharapkan bisa menjadi panutan bagi semua stafnya. Rektor menilai, kedisiplinan para pegawai UIN Sunan Kalijaga masih kurang. Untuk meningkatkan kedisiplinan para pegawai, para pejabat, harus mampu menjadi panutan, dan harus berani memberikan hukuman bagi para staf yang tidak disiplin. Sehingga ke depan, kinerja PNS di lingkup UIN akan semakin baik, berdisiplin tinggi dan profesional. Amin menambahkan bahwa pejabat itu pelayan masyarakat. Kunci keberhasilan pemberdayaan masyarakat, bila setiap pejabat itu bisa memberi teladan kepada semua stafnya untuk menjadi pelayan yang baik bagi masyarakat.