Dalam sambutan Wisuda Periode II TA 2012/2013 (06/04) di gedung multipurpose UIN Sunan Kalijaga, mewakili Rektor, Pembantu Rektor Bidang Akademik Dr. Sekar Ayu Aryani, M.Ag., mengatakan setidaknya ada 3 pilihan bagi wisudawan setelah lulus.

Pilihan pertama adalah melanjutkan studi ke jenjang berikutnya. Saat ini, semakin banyak beasiswa studi lanjut termasuk dari UIN Sunan Kalijaga. Selain itu juga bisa mengambil program pendidikan profesi atau kursus untuk meningkatkan kompetensi.

Pilihan kedua, lulusan bisa langsung terjun ke dunia profesional. Dengan bekal yang selama ini sudah diberikan, seperti kemampuan bahasa, ICT, diharapkan lulusan bisa bersaing dengan lulusan perguruan tinggi lain.

Pilihan terakhir yaitu menjadi agen pencipta lapangan kerja baru. Mengingat saat ini terdapat gap antara ketersediaan kesempatan kerja dan pencari kerja.

Terkait pilihan ketiga, saat ini UIN Sunan Kalijaga sudah mengembangkan  pusat studi kewirausahaan, dikenal dengan CENDI (Center for Enterpreneurship Studies) untuk membangun motivasi mahasiswa agar berwirausaha.

Salah satu kisah sukses mahasiswa UIN Sunan Kalijaga  yang berwirausaha adalah Khafid Nasrullah yang merintis usaha agro atsiri. Usahanya bergerak di bidang penyulingan minyak atsiri dari daun cengkih. Produksinya sudah diekspor sampai Swiss dan Jerman. Atas prestasi tersebuh Khafid mendapatkan penghargaan sebagai pemenang Wirausaha Muda Mandiri 2012 dari Bank Mandiri.