Visi : 

Unggul dan terkemuka dalam pengembangan ilmu dakwah untuk membangun kemanusiaan dan peradaban.

Misi :

1. Menyelenggarakan pendidikan dan pengajaran dalam ilmu dakwah bil lisan dan bil-hal dengan pendekatan integrasi-interkoneksi untuk melahirkan lulusan yang kompeten, adaptif, berdedikasi dan berintegritas. 
2. Melaksanakan penelitian dengan pendekatan integrasi dan interkoneksi yang dipublikasikan secara luas dan bermanfaat bagi kemanusiaan.
3. Melaksanakan pengabdian kepada masyarakat dengan pendekatan pemberdayaan yang  adaptif terhadap tantangan kontemporer.

Visi dan misi FDK sebagaimana terumuskan diatas, juga dirangkai dengan pendekatan inovatif di dalam menjalankan tri dharma perguruan tinggi, yakni pada aspek pendidikan dan pengajaran, penelitian dan pengabdian masyarakat. (1) pada aspek pendidikan dan pengajaran, titik tekan utamanya adalah mengembangkan kurikulum atau silabus berbasis KKNI, up to date dengan berbagai dinamika dan tren kelilmuan, baik dalam bidang ilmu sosial keagamaan dan sains lainnya. Di dalam pengajaran mengembangkan dinamika pembelajaran aktif (active learning), bukannya pembelajaran yang pasif (passive learning), atau sekedar capaian administratif pembelajaran lainnya. Metode pembelajaran active learning ini agar mahasiswa senang, gembira dan penuh gairah untuk belajar.

(2) aspek penelitian yang dikembangkan adalah riset-riset yang relevan dengan dinamika perkembangan sosial dan sains lainnya sehingga produksi pengetahuan yang dihasilkan bermanfaat untuk ikut membantu menyelesaikan problema sosial di masyarakat. FDK ingin mengembangkan diri pula sebagai  fakultas riset yang relevan secara ilmiah dan social (scientifically and socially relevant research faculty), yang akan mendukung penguatan UIN Sunan Kalijaga bukan hanya sebagai “research university”an sich, tetapi juga universitas riset yang relevan secara ilmiah dan sosial. (3) aspek pengabdian masyarakat, FDK ingin berkontribusi dalam kemajuan pengetahuan dan pemberdayaan masyarakat dengan cara mensinergikan aspek pengabdian masyarakat sebagaimana dalam amanah tridharma Perguruan Tinggi dengan komitmen global sebagaimana yang terumuskan dalam agenda MDG’s dan the Post-2015 Development Agenda, dengan pendekatan karitatif menuju pemberdayaan (from charity based to empowerment).

Melalui pendekatan empowerment  di dalam pengabdian  masyarakat akan mampu menggerakkan perubahan di dalam masyarakat melalui penguatan kapasitas, yang diharapkan nantinya memiliki kekuatan dalam memenuhi kebutuhan dasarnya sehingga masyarakat memiliki kebebasan (freedom), baik dalam mengemukakan pendapat dan bergorganisasi (freedom for) juga bebas dari kemiskinan, kelaparan, keterbelakangan dan kebododohan (freedom from)lainnya.